По време на Възраждането от източната страна на Бистрица се застроява Вароша – българската махала на града. През 30-те години на 19 век оттук минава френският геолог Ами Буе, който описва Джумая като град с 3000 до 4000 жители, в който живее наследствен войвода. Джамиите доказват, че има доста турци и помаци, наред с българите. Улиците са настлани и твърде неправилни. Според французина българите наричат града Шума (от „шума“ – гора).
В 1844 година, след издействането на султански ферман, във Вароша е осветена църквата „Въведение Богородично“, достроена и изографисана в следващите 50 години. В 1845 година руският славист Виктор Григорович на път от Мелник за Рилския манастир, посещава града и пише:
„ …след като оставих село Семитлия, влязох в долина, украсена от градчето Джумая на река Струма. Нощта прекарах у гостоприемните му жители. Джумая има една църква „Въведение на Пресвета Богородица“ и неголямо българско училище. “
Във Вароша се намира и къщата на Георги Измирлиев Македончето, участвал в Освободителните движения. През 1866 година е основано и читалището на града.
Указ на Президиума на Народното събрание за преименуване на град Горна Джумая в град Благоевград
В 1891 година Георги Стрезов пише за града:
„ Центърът Горна Джумая (Джума-баля), е спретно градче с неповече от 1200 къщи. През бурните години от 1877 – 1879 по-голямата част от населението в града, както и в околията, се изселило; градът се ограбил, опустошил. По-голямата част от къщите са нови; а жителите са преселници от разни страни. Най-много нахлули цинцари и гърци от Мелник и Сяр, които са прибрали речи цялата търговия. Градът като пограничен, расте и успява от ден на ден. Жалко е само, че всичката работа бяга в чужди ръце, а българщината отслабва. Преди време тоя град бил един от най-разбудените; сега страшно е, да не се отвори и в тоя чисто български град гръцко училище. В Джумая има две бани с минерални води: една в чаршията, друга по-навън. В подирната има и един камък с надпис. В черковния двор има камък с гръцки надпис, пренесен от Струмски чифлик. 1 училище. Една църква, българска. “
През 1900 година според известната статистика на Васил Кънчов населението на Горна Джумая (Йокари Джумая) брои 6440 души, от които 1250 българи, 4500 турци, 60 гърци, 250 власи, 180 евреи и 200 цигани.
При избухването на Балканската война през 1912 година шестдесет и четири души от града са доброволци в Македоно-одринското опълчение.